과세대상이 아닌 거래에 대해 세금계산서를 교부받은 경우 가공수취 가산세 적용여부 등

1. (합의금이 과세대상 거래에 대한 대가가 아닌 경우) B법인이 합의금에 대해 A법인의 이견에도 불구하고 과세대상 거래에 대한 대가로 판단하여 세금계산서를 발급하는 경우 A법인에게 가공수취 가산세는 적용되지 않는 것이나 이에 해당하는지 여부는 거래 실질에 따라 판단해야 하는 것임

○ 법원 판결 전 분쟁 당사자간 합의에 따라 A법인(C법인의 분할신설법인)이 B법인에게 합의금을 지급하는 경우로서

1. (합의금이 부가가치세 과세대상 거래에 대한 대가에 해당하지 않는 경우) B법인이 합의금에 대해 A법인의 이견에도 불구하고 과세대상 거래에 대한 대가로 판단하여 A법인에게 세금계산서를 발급 시 A법인에게 세금계산서 가공수취 가산세가 적용되는지

2. (합의금이 부가가치세 과세대상 거래에 대한 대가에 해당하는 경우) 합의금에 대한 세금계산서를 A법인 또는 C법인 중 어느 법인이 수취해야 하는지

사실관계

○ □□□(이하 “분할법인” 또는 “C법인”)는 석유·화학·배터리 사업 등을 영위하는 내국법인으로 배터리 사업 경쟁업체인 △△△(이하 “B법인”)과 법적분쟁이 발생하였는바, 일련의 진행과정은 다음과 같음

-(’19.04.) ◎◎◎*과 ○○○(이하 통칭하여 “◈◈◈”)은 C법인과 C법인의 종속기업인 ◉◉◉(C법인과 통칭할때는 “▣▣▣”)를 상대로

* ◎◎◎은 ’20.12월 전지사업본부를 물적분할하여 분할신설법인인 B법인 설립

-미국 국제무역위원회(ITC)*에 영업비밀침해에 따른 불공정 무역행위 조사신청 및 미국 델라웨어 연방지방법원에 영업비밀침해 금지소송 제기

* 미국의 대통령 직속 준사법적 독립기관으로 국제통상문제를 담당하는 중요한 기구

-(’19.09.) C법인은 ◈◈◈를 상대로 ITC에 특허권 침해에 따른 불공정무역행위 조사신청 및 미국 델라웨어 연방지방법원에 특허권침해금지 소송 제기

-◈◈◈는 ITC와 미국 델라웨어 연방지방법원에 특허권침해금지 등 소송 추가 제기

-(’21.02.) ITC는 C법인이 증거보존의무를 위반하는 등 절차상 하자가 있음을 이유로 C법인이 제조한 리튬 이온 배터리 등에 대해 10년간 미국 내 수입을 금지하는 제한적 배제명령의 최종판정

-(’21.05.) ▣▣▣와 ◈◈◈는 원만히 분쟁을 종결하고 사업의 지속성을 확보하기 위해 합의금액에 대한 초기의 큰 입장차이를 절충하여 합의서를 작성 및 체결

<합의 주요 내용>

∙국내외 모든 분쟁의 상호 취하

∙양사 특허에 대해 향후 10년간 원칙적 부쟁송 합의

∙C법인이 B법인에 일시금 1조원(이하 “합의금”)과 총 1조원 한도의 로열티 지급

* 합의금의 경우 ’21년 5천억원, ’22년 5천억원 지급, 로열티는 ’23년 이후 지급

○ 한편, C법인은 ’21년 반기 재무제표상 합의금을 영업외비용과 부채 (이하 “쟁점부채”)로 회계처리하였고

-’21.10월 배터리사업부문을 물적분할하여 분할신설법인인 ☆☆☆(이하 “분할신설법인” 또는 “A법인”)를 설립하고 배터리사업부문과 관련된 쟁점부채를 A법인에게 승계

○ A법인은 합의금이 세금계산서 발급대상에 해당하지 않는다는 의견을 B법인에게 개진하였으나

-B법인은 위 합의내용에 따라 합의금 1조원 중 5천억원을 A법인에게 지급요청하며 ’21.12.31.을 공급시기로 하여 ’22.1.10. 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”)를 발급하였고

-A법인은 ’21.12.31. B법인에게 일시금 1조원 중 5천억원을 지급하였으며 쟁점세금계산서 관련 매입세액은 공제받지 아니함

관련 법령

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

○ 부가가치세법 시행규칙 제19조 【장기할부조건부 용역의 공급】

영 제29조제1항제1호에 따른 장기할부조건부로 용역을 공급하는 경우는 용역을 공급하고 그 대가를 월부, 연부 또는 그 밖의 할부의 방법에 따라 받는 것 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.

1. 2회 이상으로 분할하여 대가를 받는 것

2. 해당 용역의 제공이 완료되는 날의 다음 날부터 최종 할부금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다. (이하 생략)

○ 부가가치세법 제34조【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

○ 부가가치세법 제60조【가산세】

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이하 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

○ 상법 제530조의2 【회사의 분할·분할합병】

① 회사는 분할에 의하여 1개 또는 수개의 회사를 설립할 수 있다.

○ 상법 제530조의3 【분할계획서·분할합병계약서의 승인】

① 회사가 분할 또는 분할합병을 하는 때에는 분할계획서 또는 분할합병계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다.

② 제1항의 승인결의는 제434조의 규정에 의하여야 한다.

○ 상법 제530조의9 【분할 및 분할합병 후의 회사의 책임】

① 분할회사, 단순분할신설회사, 분할승계회사 또는 분할합병신설회사는 분할 또는 분할합병 전의 분할회사 채무에 관하여 연대하여 변제할 책임이 있다.

② 제1항에도 불구하고 분할회사가 제530조의3제2항에 따른 결의로 분할에 의하여 회사를 설립하는 경우에는 단순분할신설회사는 분할회사의 채무 중에서 분할계획서에 승계하기로 정한 채무에 대한 책임만을 부담하는 것으로 정할 수 있다. 이 경우 분할회사가 분할 후에 존속하는 경우에는 단순분할신설회사가 부담하지 아니하는 채무에 대한 책임만을 부담한다.

○ 상법 제530조의10 【분할 또는 분할합병의 효과】

단순분할신설회사, 분할승계회사 또는 분할합병신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서 또는 분할합병계획서에서 정하는 바에 따라 승계한다.

○ 상법 제530조의12 【물적분할】

이 절의 규정은 분할되는 회사가 분할 또는 분할합병으로 인하여 설립되는 회사의 주식의 총수를 취득하는 경우에 이를 준용한다